公司能否起诉离职的骨干员工取决于具体情况，以下是几种可能的情形：

1. 违反竞业限制约定：如果员工在职期间掌握了公司的关键商业秘密或技术，并且签订了竞业限制协议，那么在离职后如果违反了协议，比如到竞争公司工作，公司有权起诉要求其承担违约责任或赔偿损失。

2. 违反服务期协议：如果公司为员工提供了专项培训费用并进行了专业技术培训，且双方签订了服务期协议，那么员工在未履行完服务期的情况下离职，公司可以要求员工支付违约金，违约金数额不得超过尚未履行部分所应分摊的培训费用。

3. 侵害公司权益：如果员工在职期间有侵害公司权益的行为，如泄露商业秘密、违反公司规章制度等，公司有权追究其法律责任，起诉要求赔偿。

4. 造成重大损失：如果员工在职期间因工作失误等给公司造成重大损失，且公司当时未追究，那么公司发现后仍可起诉要求赔偿。

需要注意的是，公司起诉离职员工时，需提供充分的证据，并且要在法定的诉讼时效内进行。此外，如果公司与员工之间存在未结清的劳动报酬等争议，公司可通过申请劳动仲裁的方式解决，劳动仲裁是起诉的前置程序。

综上所述，公司能否起诉离职员工取决于是否存在上述情形以及是否有足够的证据支持公司的主张。如果公司认为自身权益受到侵害，建议及时咨询专业法律人士获取具体指导。